Toda la investigación en la EEA se lleva acabo dentro de estructuras programaticas llamadas Empresas. Dichas Empresas se relacionan cercanamente con las empresas establecidas en el Departamento de Agricultura de Puerto Rico en su descargue de su labor ejecutiva. En la Estación Experimental dividimos la investigación agrícola en diez empresas, que representan el corazón del Programa de Investigación Institucional. Dada su función programatica, las empresas responden directamente a la Oficina de Investigaciones y a su Decana Auxiliar a cargo de investigaciones. Cada empresa está compuesta por un lider y un núcleo de científicos que acesoran a la Oficina de Investigaciones con respecto a las necesidades investigativas de la empresa.